Plot model statistics using heatmap.
Usage
plotCorHeatmap(
model.result,
stats = c("cor.coef", "t", "p.Pos", "p.Neg"),
roi = "all",
cell.type = "all"
)Arguments
- model.result
A dataFrame object.
- stats
Character value. Choose either coefficient or t. Coefficient by default.
- roi
Character value. By default is all. The specific ROIs to be plotted.
- cell.type
Character value. By default is all. The cell types to be plotted.
Examples
data("xenium_bc_spe")
coi <- c("Breast cancer", "Fibroblasts", "B cells", "T cells")
spe <- gridDensity(spe, coi = coi)
spe <- findROI(spe, coi = coi, method = "walktrap")
model_result <- corDensity(spe)
#> i = 1 , j = 2 , ROI 1
#> i = 1 , j = 2 , ROI 2
#> i = 1 , j = 2 , ROI 3
#> i = 1 , j = 2 , ROI 4
#> i = 1 , j = 2 , ROI 5
#> i = 1 , j = 2 , ROI 6
#> i = 1 , j = 2 , ROI 7
#> i = 1 , j = 2 , ROI 8
#> i = 1 , j = 2 , ROI 9
#> i = 1 , j = 2 , ROI 10
#> i = 1 , j = 2 , ROI 11
#> i = 1 , j = 2 , ROI 12
#> i = 1 , j = 2 , ROI 13
#> i = 1 , j = 2 , ROI 14
#> i = 1 , j = 2 , ROI 15
#> i = 1 , j = 2 , ROI 16
#> i = 1 , j = 2 , ROI 17
#> i = 1 , j = 2 , ROI 18
#> i = 1 , j = 2 , ROI 19
#> i = 1 , j = 2 , ROI 20
#> i = 1 , j = 2 , ROI 21
#> i = 1 , j = 2 , ROI 22
#> i = 1 , j = 2 , ROI 23
#> i = 1 , j = 2 , ROI 24
#> i = 1 , j = 2 , ROI 25
#> i = 1 , j = 2 , ROI 26
#> i = 1 , j = 2 , ROI 27
#> i = 1 , j = 3 , ROI 1
#> i = 1 , j = 3 , ROI 2
#> i = 1 , j = 3 , ROI 3
#> i = 1 , j = 3 , ROI 4
#> i = 1 , j = 3 , ROI 5
#> i = 1 , j = 3 , ROI 6
#> i = 1 , j = 3 , ROI 7
#> i = 1 , j = 3 , ROI 8
#> i = 1 , j = 3 , ROI 9
#> i = 1 , j = 3 , ROI 10
#> i = 1 , j = 3 , ROI 11
#> i = 1 , j = 3 , ROI 12
#> i = 1 , j = 3 , ROI 13
#> i = 1 , j = 3 , ROI 14
#> i = 1 , j = 3 , ROI 15
#> i = 1 , j = 3 , ROI 16
#> i = 1 , j = 3 , ROI 17
#> i = 1 , j = 3 , ROI 18
#> i = 1 , j = 3 , ROI 19
#> i = 1 , j = 3 , ROI 20
#> i = 1 , j = 3 , ROI 21
#> i = 1 , j = 3 , ROI 22
#> i = 1 , j = 3 , ROI 23
#> i = 1 , j = 3 , ROI 24
#> i = 1 , j = 3 , ROI 25
#> i = 1 , j = 3 , ROI 26
#> i = 1 , j = 3 , ROI 27
#> i = 1 , j = 4 , ROI 1
#> i = 1 , j = 4 , ROI 2
#> i = 1 , j = 4 , ROI 3
#> i = 1 , j = 4 , ROI 4
#> i = 1 , j = 4 , ROI 5
#> i = 1 , j = 4 , ROI 6
#> i = 1 , j = 4 , ROI 7
#> i = 1 , j = 4 , ROI 8
#> i = 1 , j = 4 , ROI 9
#> i = 1 , j = 4 , ROI 10
#> i = 1 , j = 4 , ROI 11
#> i = 1 , j = 4 , ROI 12
#> i = 1 , j = 4 , ROI 13
#> i = 1 , j = 4 , ROI 14
#> i = 1 , j = 4 , ROI 15
#> i = 1 , j = 4 , ROI 16
#> i = 1 , j = 4 , ROI 17
#> i = 1 , j = 4 , ROI 18
#> i = 1 , j = 4 , ROI 19
#> i = 1 , j = 4 , ROI 20
#> i = 1 , j = 4 , ROI 21
#> i = 1 , j = 4 , ROI 22
#> i = 1 , j = 4 , ROI 23
#> i = 1 , j = 4 , ROI 24
#> i = 1 , j = 4 , ROI 25
#> i = 1 , j = 4 , ROI 26
#> i = 1 , j = 4 , ROI 27
#> i = 2 , j = 3 , ROI 1
#> i = 2 , j = 3 , ROI 2
#> i = 2 , j = 3 , ROI 3
#> i = 2 , j = 3 , ROI 4
#> i = 2 , j = 3 , ROI 5
#> i = 2 , j = 3 , ROI 6
#> i = 2 , j = 3 , ROI 7
#> i = 2 , j = 3 , ROI 8
#> i = 2 , j = 3 , ROI 9
#> i = 2 , j = 3 , ROI 10
#> i = 2 , j = 3 , ROI 11
#> i = 2 , j = 3 , ROI 12
#> i = 2 , j = 3 , ROI 13
#> i = 2 , j = 3 , ROI 14
#> i = 2 , j = 3 , ROI 15
#> i = 2 , j = 3 , ROI 16
#> i = 2 , j = 3 , ROI 17
#> i = 2 , j = 3 , ROI 18
#> i = 2 , j = 3 , ROI 19
#> i = 2 , j = 3 , ROI 20
#> i = 2 , j = 3 , ROI 21
#> i = 2 , j = 3 , ROI 22
#> i = 2 , j = 3 , ROI 23
#> i = 2 , j = 3 , ROI 24
#> i = 2 , j = 3 , ROI 25
#> i = 2 , j = 3 , ROI 26
#> i = 2 , j = 3 , ROI 27
#> i = 2 , j = 4 , ROI 1
#> i = 2 , j = 4 , ROI 2
#> i = 2 , j = 4 , ROI 3
#> i = 2 , j = 4 , ROI 4
#> i = 2 , j = 4 , ROI 5
#> i = 2 , j = 4 , ROI 6
#> i = 2 , j = 4 , ROI 7
#> i = 2 , j = 4 , ROI 8
#> i = 2 , j = 4 , ROI 9
#> i = 2 , j = 4 , ROI 10
#> i = 2 , j = 4 , ROI 11
#> i = 2 , j = 4 , ROI 12
#> i = 2 , j = 4 , ROI 13
#> i = 2 , j = 4 , ROI 14
#> i = 2 , j = 4 , ROI 15
#> i = 2 , j = 4 , ROI 16
#> i = 2 , j = 4 , ROI 17
#> i = 2 , j = 4 , ROI 18
#> i = 2 , j = 4 , ROI 19
#> i = 2 , j = 4 , ROI 20
#> i = 2 , j = 4 , ROI 21
#> i = 2 , j = 4 , ROI 22
#> i = 2 , j = 4 , ROI 23
#> i = 2 , j = 4 , ROI 24
#> i = 2 , j = 4 , ROI 25
#> i = 2 , j = 4 , ROI 26
#> i = 2 , j = 4 , ROI 27
#> i = 3 , j = 4 , ROI 1
#> i = 3 , j = 4 , ROI 2
#> i = 3 , j = 4 , ROI 3
#> i = 3 , j = 4 , ROI 4
#> i = 3 , j = 4 , ROI 5
#> i = 3 , j = 4 , ROI 6
#> i = 3 , j = 4 , ROI 7
#> i = 3 , j = 4 , ROI 8
#> i = 3 , j = 4 , ROI 9
#> i = 3 , j = 4 , ROI 10
#> i = 3 , j = 4 , ROI 11
#> i = 3 , j = 4 , ROI 12
#> i = 3 , j = 4 , ROI 13
#> i = 3 , j = 4 , ROI 14
#> i = 3 , j = 4 , ROI 15
#> i = 3 , j = 4 , ROI 16
#> i = 3 , j = 4 , ROI 17
#> i = 3 , j = 4 , ROI 18
#> i = 3 , j = 4 , ROI 19
#> i = 3 , j = 4 , ROI 20
#> i = 3 , j = 4 , ROI 21
#> i = 3 , j = 4 , ROI 22
#> i = 3 , j = 4 , ROI 23
#> i = 3 , j = 4 , ROI 24
#> i = 3 , j = 4 , ROI 25
#> i = 3 , j = 4 , ROI 26
#> i = 3 , j = 4 , ROI 27
plotCorHeatmap(model_result$ROI)
